Kirkerummets centrale punkt er alteret i den østlige ende af længdeaksen med altertavlen.
Altertavlen udgør en fremragende del af det righoldige renæssanceinventar. Den tilskrives Sønderbrog-mesteren Niels Tagesen, der var inspireret af Flensborgmesteren Hinrich Ringerinck.
Ifølge en indskrift i storfrisen blev det slanke alter fremstillet i 1618. Året efter anbragtes dets to malerier.
Renæssancepræget fremgår ikke mindst af en streng arkitektonisk opbygning. To korintiske søjlepar fremhæver de lodrette linjer, medens de vandrette kommer til udtryk gennem de kraftfulde gesimser.
Øverst ses tre ovale malerier. Den velsignende Gud fader med rigsæble som symbol på sin herskerstilling flankeres af profetskikkelser. Mellem disse er der anbragt et opstandelsesbillede inspireret af et kobberstik fra Albrecht Dürers "lille Passion" fra 1512.
Det store billede af den sidste nadvar er af særlig høj standard. Ifølge en mundtlig overlevering skal det være fundet på et hollandsk skib, der grundstødte i nærheden af Sønderbrog. De velafstemte, lyse farver er udtryk for renæssancekunstens fascinerende pragtudfoldelse.